¿Cómo hacemos los análisis genéticos? El estándar internacional. Parte 2.
De los mismos de…¡La serie CSI nos ha perjudicado como genetistas!. En este post continuaré sobre el cómo realizamos este tipo de análisis genéticos a los animales en nuestra empresa.
Resumiendo los pasos para el análisis genético.
- Toma de muestra.
- Envío de información y recepción de la muestra.
- Verificación de la muestra y de la información de la misma.
- Extracción de ADN.
- Amplificación del segmento de ADN seleccionado.
- Visualización del ADN.
- Asignación de valores encontrados por ejemplar.
- Análisis de la información genética.
- Elaboración de dictámenes.
- Envío de resultados.
Ya hemos tomado las muestras, recibido y confirmado la información, extraído el ADN, amplificado el ADN (Pasos del 1 al 5 en el post anterior) y ahora, ¿Cómo lo vemos?
6. El ADN amplificado se puede visualizar de diferentes maneras, nosotros usamos un equipo de estos:
(Applied Biosystems® Sanger Sequencing 3500 Series Genetic Analyzers)
Para enfermedades genéticas.
Usualmente se realiza la secuenciación de ADN donde se encuentra la mutación. Al realizar una serie de reacciones. Y pasar por el equipo anterior obtenemos un resultado como este de una muestra que nosotros analizamos:
Cada pico representa un nucleótido de los 4 posibles (ATCG).
Para análisis de parentesco.
El ADN amplificado lo marcamos con una molécula que reacciona con un láser emitiendo una señal de un color específico (del azul, verde, amarillo, naranja, rojo y púrpura) al pasar por un tubo muy pequeño (del grosor de unos cuantos milímetros). Al final, el resultado se ve en un software especializado y podemos diferenciar cada marcador de cada individuo:
Ejemplo de un marcador con una molécula que emite señal en el azul (marcador INU055 para un canino) y otro en el verde (el marcador INRA21 también del mismo id). Fíjate que cada pico representa una variante (alelo) de ese marcador. Hay uno (en el verde) o máximo dos picos (en el azul) por marcador por individuo. En este caso el individuo heredó el mismo alelo 101 (por eso sólo observamos un pico) en los verdes y dos alelos diferentes en el azul (208 y 210) los cuales tuvieron que haber sido heredados uno de la madre y el otro del padre. Este es el principio para verificar el parentesco por ADN.
Más información sobre análisis de parentesco genético en caninos
7. ¿Y cómo es que un pico se llama de una manera y no de otra?
Aquí entra a jugar el estándar internacional. Hay dos estándares, uno sugerido por la FCI y por la Sociedad Internacional de Genética Animal y por el cual la mayoría de laboratorios y asociaciones en el mundo se rigen (Europa, Asia y Latinoamérica). Y otro implementado por la AKC, el cual lo usan casi que sólo en EUA.
La ISAG/FCI sugiere ciertos marcadores:
En perros son 19, más un panel adicional de 6 para casos complejos (ambos los usamos en nuestra empresa)
En bovinos son 12 marcadores, en equinos 15…
¿Los dos son comparables? No, cada uno usa diferentes marcadores, es decir cada uno mira una parte diferente del ADN.
¿Por qué la AKC usa otro estándar? Por la misma razón que usan un sistema de medidas imperial (pulgadas, yardas, pies…) en vez del sistema métrico 🙂.
¿SI tengo un ejemplar con sistema AKC puedo compararlo con crías con el sistema sugerido por la FCI? Es necesario realizar al padre la de la FCI o a las crías la de la AKC para poder compararlas.
Nuestra empresa es miembro institucional de la ISAG y realiza cada cierto tiempo pruebas inter-laboratorios internacionales bajo el estándar de la FCI y de la Sociedad Internacional de Genética Animal (ISAG) para comparar nuestros resultados y mantener el estándar internacional de la ISAG.
De esta manera, nuestros resultados son comparables con la mayoría de los reportes de otros laboratorios en el mundo, excepto con los de la AKC. Igual, es posible realizar el análisis de la AKC pero no es usual.
En el siguiente post, te contaré sobre cómo hacemos los análisis de la información genética para verificar parentescos o determinar enfermedades genéticas y cómo emitimos esos resultados.
Finalmente, quiero decir gracias por leer estas líneas. Y también te invito a revisar, cuestionar, indagar la información que te doy… Y lo más importante, verifica en tu diario quehacer como apasionado/a criador/a.
¡Nos leemos en una semana!
Dr. Miguel A. Novoa Bravo
BSc. MSc. PhD.Co. Director científico y de innovación.
